В чем разница между удалением зараженного файла и перемещением в карантин?

Удаление это само собою, полно физическое удаление тела вируса, а перемещение в карантин не предполагает удаление, программа также хранится в физической памяти, однако она защищена от случайного запуска, а также блокируются ее функции самозапуска.

Иногда подозрительные файлы кажутся вирусами, но при обновлении сигнатур баз определения вирусов, при пристальном рассмотрении программа оказывается чистой и её можно восстановить из карантина, либо наличие вредоносности подтверждается и тогда файл следует удалить и из карантина.

Создание вирусов всегда будет на шаг впереди по определению, ибо если нет болезни, то еще нет и от нее лекарства - "лекарство" всегда следствие, "причина" же есть - всегда болезнь. Тут телегу впереди лошади не поставить.

При перемещении зараженного файла в карантин, он находиться в папке карантина вашего антивируса. Некоторые программы файлы эти переименовывают. Доступ к файлу блокируется антивирусом: просмотреть файл, скопировать, удалить нельзя. Т.е. файл если в карантине - остается на вашем носителе, только ничего сделать вы с ним не можете. Ну при удалении понятно что вы его удаляете, только удаляйте мимо корзины. Иначе он будет в папке корзины у вас на диске и антивирус его все равно найдет.

Наверное,тот файл, который на карантине, будет существовать на компьютере, но какое то время будет проверятся антивирусной программой на активность и присутствие вируса, трояна и другого. Если он не заражён, то его в скором времени можно будет использовать по назначению. А если вы удалили файл - то аля-улю, или прощай любовь - завяли помидоры. Файла больше не вернуть!

Разница в том что файл в карантине может быть нужен, например "крякнули" игру, антивирус тот самый "кряк" поместил в карантин, а он нужен.

Удалённый файл, это всё, конец, его нет в системе.

Вот в этом и разница как я её понимаю.