В каких файлах содержится альфа канал?

В графических. Альфа-канал содержит информацию о прозрачных участках в изображении. Например, в файле формата PNG-32. 32 - означает битность изображения. Альфа-каналу так же, как и остальным каналам, хранящих информацию о цвете, выделяется 8 бит. Т.е. степень непрозрачности может меняться в диапазоне от 0 до 255, тогда как в форматах PNG-8 или GIF доступна лишь полная непрозрачность какого-либо участка, т.е. в этих изображениях отсутствуют плавные переходы от прозрачных участков к непрозрачным.