Почему СБП не берет комиссию за переводы, какая им выгода?

Никакой. СБП - это что-то коммерческое, а государственная система, которая как раз появилась, чтобы банки и платёжные системы не "обдирали" людей с помощью комиссий за переводы. То есть, с помощью СБП государство создало инструмент, который влияет на такие вещи рыночными условиями, представив банковским переводам конкурента с максимально простой и понятной системой, которая ещё и выполняет социальные гарантии (бесплатные переводы относительно небольших сумм физическими лицами, бесплатные переводы между своими счетами, низкая комиссия для бизнеса в социально значимых сферах). То есть, тут речь больше идёт не об экономической выгоде самой системы (хотя она её может получать с крупных переводов), а о том, что во главе угла стоит регулирующая и социальная функции государства.