Изначально, на этапе освоения в языке, слово "кофе" как только не писалось: и кофе, и кафе (явно под влиянием немецкого языка), и даже кофь (женского рода). Причем второй вариант сохранился до сих пор в некоторых диалектах. Позже наиболее употребительными стали варианты "кофий" и "кофей". Считается, что люди так удачно подогнали новое слово под привычное "чай". Заметьте, что оба этих слова - и "кофий", и "кофей" - мужского рода.
Мужской род умудрился закрепиться и за вариантом "кофе". Поэтому принято пить крепкий, сладкий черный кофе. Трудность в том, что похожие слова - солнце, поле и др. - среднего рода. Поэтому и тянет народ употреблять "кофе" в среднем роде. В конце концов народ, как обычно, победил. В "Русской грамматике" появилось примечание: "Допустимо употреблять это слово и в среднем роде": сгущенное кофе с молоком.
И все же современные авторитетные словари - орфографический, словарь трудностей и даже "Практическая стилистика" - указывают мужской род слова "кофе" как литературную норму, а средний род - как разговорную.
Собственно, существует правило, согласно которому заимствованные несклоняемые неодушевленные существительные в основном относятся к среднему роду. Просто со словом "кофе" произошел исторический казус, из-за которого оно стало мужского рода.
Кстати, и "какао" когда-то было мужского рода. И в таком виде его можно встретить, например, у Тургенева.
