Как правильно: «в бутылкЕ» или «в бутылкИ»?

Зависит от контекста, а если конкретней, то от числа и падежа существительного, в данном случае это "бутылка".

• Что в бутылке? - спросим мы, достав с антресолей давно позабытую бутылку с неизвестной жидкостью. Тут "бутылка" в единственном числе и предложном падеже (проверяем вопросом В ЧЁМ? В бутылке).
• Нужно налить воды в бутылки и взять с собой несколько штук, при жаре пить захочется. Тут бутылок несколько, множественное число, и падеж другой, винительный (проверяем вопросом налить ВО ЧТО? В бутылки, причем их несколько, единственное число было бы "в бутылку").

Таким образом, возможны оба варианта написания этого слова.