Дело в том, что компания Microsoft из года в год пыталась продвигать "свою версию" Интернета, по-своему интерпретируя стандарты. Сначала это работало -- большинство пользователей заходило на сайты через IE и сайты по этой причине делались "под IE", а не "под стандарт". И из-за этого браузеры, придерживавшиеся стандартов, например, Mozilla, нередко показывали сайты некрасиво, с искажениями, а порой и с неработающими активными элементами, что отвращало людей от альтернативных браузеров.
В какой-то момент произошел перелом: огромное количество уязвимостей IE, медленная работа и примитивный на тот момент интерфейс (у конкурентов появились вкладки и много других "фич") привели к тому, что IE стал "встроенной утилиткой для скачивания Mozilla или Opera". И вслед за этим и сайты стали ориентироваться на стандарты W3C, а обычная еще недавно надпись "Сайт рекомендуется просматривать на Internet Explorer 5" ушла в прошлое.
Вместе с тем, Microsoft не отказалась от своего видения стандартов веба, и для последнего вебмастерам приходилось делать отдельную версию сайта (или точечно исправлять выявленные несовместимости). Потом всем это надоело -- все равно мало кто им пользуется -- и на это дело "забили" (тем более, что Microsoft и сам "забил" на IE и стал развивать новый браузер Edge, гораздо более похожий на стандарты W3C), и мы имеем, что имеем: некоторые сайты в IE работают неправильно.