Эти слова, конечно же, неоднокоренные. Презерватив, если не ошибаюсь, слово латинского происхождения, а презирать - от старославянского зырить или что-то такое, короче, смотреть сверху вниз. Эти слова просто похожи, но никакого родства между ними нет.
Любой язык - это живой организм, в котором постоянно протекают какие-то процессы. Если мы наблюдаем фонетичекое сближение двух абсолютно разных языковых единиц, это называется конвергенцией. В случае с презервативом и презрением, если она и есть, то очень слабая. Классический пример конвергенции в английском (я просто по образованию германист, потому прошу прощения за мой английский): flour (мука) и flower (цветок). Этимологически эти слова не имеют ничего общего, но в результате длительного использования стали полными омофонами. И только, эти слова все равно остаются отдельными семантическими единицами. Надеюсь, не слишком заумно получилось.
