Привязка сторонней (от любого банка, а не Яндекс.Кард) банковской карты к сервису Яндекс.Деньги (по другому - к Яндекс кошельку) позволяет без дополнительных переводов денег с этой карты в кошелек Яндекса производить оплату из Яндекс кошелька даже тогда, когда в нем нет денег (но они есть на привязанной карте). И при этом вы спокойно можете пользоваться банковской картой в реале - привязка к Яндекс.Деньгам на ее работоспособности никак не сказывается.
А вот для вывода средств из Яндекс кошелька на банковскую карту, действительно, придется заплатить комиссию (сейчас она уже стала те же 3% но плюс 45 рублей). В этом, кстати, еще одно маленькое преимущество привязки карты: если без привязки вы перевели лишние деньги на кошелек и потом решили их обратно вывести на карту, то без комиссии бы не обошлось, а с привязкой, как я уже написал выше, и переводить в кошелек деньги необязательно.
