Как правильно сказать комбайнер или комбайнёр?

Согласно современным данным, можно произносить оба варианта, они являются фактически равноправными, однако Википедия дает вариант комбайнёр как разговорную форму.

Возможно, в будущем преимущественной формой будет какая-либо одна из этих форм, а в настоящее время можно произносить и комбАйнер (от комбайн), и комбайнёр (где -ЁР-суффикс мужского рода).

Возможны оба варианта: комбайнер и комбайнёр. Это слово относится к тому ряду случаев, когда произношение [э] и [о] вариативно, зависит от усмотрения говорящего. Другие примеры:

бытие - бытиё;

планер - планёр;

маневренный - манёвренный;

околесица - околёсица.