В каком городе России нельзя строить дома выше 3 этажей?

Если речь идет об индивидуальных жилых домах, то ни в каком. Это прописано в п. 39 ст. 1 Градостроительного кодекса РФ, который является федеральным законом и действует на территории всей России.

Если говорить о многоквартирных жилых домах, то это Суздаль. Это правило существует, чтобы не нарушать исторический облик города.

Это одна из "жемчужин" Золотого кольца России - древний Суздаль. Решением местным властей, во избежание изменения сложившегося исторического городского облика (по сути, музея под открытым небом), здесь не только запрещено возведение жилых, производственных, торговых и прочих зданий выше третьего этажа (высотой 12 метров), но вообще любое строительство, включая бревенчатую баньку, недопустимо без одобрения специальной комиссии. И ведь хорошо всё складывается.