Ой, Тут много "моментов", условий. Во первых, и это самое главное, сейчас ученые "подозревают", что "вселенная" и "пространство" разные вещи. Пространство само по себе, а объекты в этом пространстве (галактики, планеты, утюги, лыжи и прочее) само по себе. То есть, галактики может и разлетаются друг от друга, но связано ли это с пространством и как, неизвестно. Есть даже гипотеза, что пространство огромно и вмещает в себя бесчисленное множество вселенных, а наша вселенная. наоборот, жадно стягивает на себя ближайший кусок пространства и идут два процесса одновременно - разлетаются галактики, а пространство, наоборот, сжимается снаружи и внутри нашей вселенной. Через триллионы и квинтиллионы лет, пространство и вселенная сравняются в размерах и начнется "обратный ход" - вселенная начнет сжиматься. а пространство начнет расширятся. Но это так, одна из гипотез.
Во вторых, пока нечем измерить "расширение пространства между атомами и изменение размера самого атома". Эти изменения в микромасштабах настолько мал, что современные приборы этого не чувствуют.
А в третьих, у нас нет абсолютных эталонов размера, времени, массы и прочих, относительно которых мы могли бы это все измерить. те эталоны, что есть, они ведь. тоже, "изменяются вместе со всей вселенной". И чет тут мерять?