Вариант с использованием стандартного проводника.
Открываем папку, нажимаем "Поиск" (F3), в параметере указываем "*.*" (*.jpg для фотографий), теперь кликаем кнопку "Найти". Ждём пока выполнится. В списке найденных файлов щелкаем по одному из них и жмем Ctrl+A (выделить все), щелкаем правой кнопкой мышки выбираем пункт "Вырезать", переходим в папку назначения и выбираем "Вставить" (в контекстном меню мышки).
ИМХО в любом случае будет проблема с одинаковыми названиями файлов. И если файлы часто названы одинаково, то процесс переименования будет утомителен, но решаем.
P.S. Забыл. Изначально надо все папки мышкой перетащить в одну. Что бы поиск начать с одной папки, стоящей во главе иерархии.