Надеюсь что все таки Ростов, Амкар и Тосно лицензирование пройдут.
Но если все таки этого не произойдет...
Ситуация маловероятная, но все же имеет право вдруг возникнуть.
К сожалению отвечая на вопрос не знаю точный регламент по этому счету, поэтому на мой взгляд все должно проходить по спортивному принципу, исходя из рангов занятых мест и лиг. Тем более пока еще осталось сыграть последний тур в премьер лиге.
То есть на сегодня СКА Хабаровск, должен покинуть премьер лигу, поскольку занял последнее, 16 место в Премьер Лиге. 
Три перечисленные команды входят в команды занявшие места с 12 по 16, и если они не пройдут лицензирование, то остается решить вопрос только с "Анжи" занимающим на сегодня 14 место, и выше ему уже и не подняться.
Поэтому на мой взгляд логически в РФПЛ в этой ситуации должны будут войти напрямую первые три команды ФНЛ, Оренбург, Крылья Советов и Енисей.
Четвертый в ФНЛ "Тамбов" же должен провести стыковые матчи с "Анжи", за право выступать в следующем году в РФПЛ.