На основании каких данных школы закрывают на карантин по гриппу?

Закрыть могут как всю школу сразу, так и отдельные классы. Для этого есть санитарные правила СП 3.1.2.3117-13

На основании этого документа в образовательных учреждениях нашей страны учебный процесс может быть приостановлен, если заболели гриппом и острыми респираторными заболеваниями двадцать и более процентов детей. Читайте пункт 9.7 этих Правил -

Если в школе двадцать процентов детей не посещает по точно установленной причине - что они заболели гриппом или ОРВИ, а не просто так прогуливают занятия, то руководство школы принимает такое решение и закрывает класс или школу. Об этом информируют администрацию города (района), Роспотребнадзор.

Можно найти данные Правила тут.